Řád založil český velmož Petr Vok z Rožmberka a určil mu hesla „Memento mori“ (pamatuj na smrt) a „Cogita aeternitatem“ (rozjímej o věčnosti). Odznakem řádu byla zlatá lebka vážící 27 g, kterou můžeme vidět i na Rožmberkově úmrtní medaili.

Senior Jednoty bratrské Matěj Cyrus postavil své pohřební kázání právě na heslech Rožmberkova řádu,

„I to sluší věděti, že pán ten proto, aby moudře, opatrně a křesťansky živ byl a na smrt ustavičně pamatoval, hlavu umrlčí vždy na prkýnku obzvláštním vyvýšeným nad svým stolečkem v pokoji míval a tovaryšství s hlavičkou umrlčí zlatou z osmi dukátů nařídil, kteréž na hrdle nosil s nápisem na jedné straně „Memento mori!“ a druhé „Cogita aeternitatem!“ A to rozdával dobrým svým pánům přátelům, paním a pannám, dav na to zvláštní rejstřík k zapisování udělati.“

Petr Vok z Rožmberka

Řádové odznaky objednal Petr Vok v Praze u císařského zlatníka Herziga van Bein, v roce 1609 mu zaplatil „za zlaté hlavičky“ 5 045 grošů a 1 denár míšeňských. Jan Jiří ze Švamberka, který se jako rožmberský dědic postavil i do čela tohoto řádu, platil v roce 1612 „Hercukovi zlatníku za ňáké umrlčí hlavičky“ velkou částku 62 040 míšeňských grošů.

S řádem lebky souvisí i štuková výzdoba pokojů Petra Voka z Rožmberka na zámku v Bechyni, kde jsou použity emblémy připomínající smrt, převzaté z knihy Georgette de Montenay „Emblematum Christianorum Centuria“. Rožmberkova podobizna s řádovým znakem bývala ještě před II. světovou válkou ve vyšebrodském klášteře, snad je dnes mezi uměleckými předměty, které čekají na vrácení z rakouského Lince.

S rožmberkovým řádem snad souvisí i zprávu z roku 1610 o „pozlacování v některých místech dvanácti stolic, co p. Lukan v Praze dělati dal s umrlčími hlavami,“ které by dobře odpovídaly obvyklému počtu členů takovýchto řádů.

Zájem o rytířské řády, spolky a mystiku nalézáme u Petra Voka i jinde. V sídelním městě falckého kurfiřta Fridricha v Heidelbergu a v rezidenci císaře Rudolfa II. v Praze se sbíhají cesty mnoha osob, které jsou spojovány s tajným bratrstvem Rosenkruciánů, například Jan Amos Komenský, Johann Valentin Andreae, Kristián z Anhaltu, John Dee, Michael Maier, Oswald Croll a další, mezi nimi i samotný Petr Vok (podle VURM, Bohumil: Rudolf II. a jeho Praha).

Arcimboldův portrét Rudolfa II., léta Páně 1590

Blízkost smrti nutí aristokrata, aby změnil náhled na život. Důkazem hloubky jeho konverze je štukový strop v jeho ložnici, na němž se objevují motivy z francouzské hugenotské poezie. Petr Vok vstupuje pod intelektuálním vlivem Karla st. ze Žerotína do řad Jednoty bratrské. Uzavírají spolu ještě s dalším šlechticem tajné bratrstvo a brzy se Rožmberkovi, který pomáhá Karlovi vybírat manželku, dostane přezdívky pán contra spem, pán proti vší naději. Citát z Vulgáty, latinského předkladu bible, ukazuje přirovnání Rožmberka k Abrahamovi, který, ač nemá jiných potomků, chce nechat obětovat syna Izáka – navzdory své naději (synovi, jehož má zabít) věřím (že mne Bůh neopustí), contra spem spero.

Silvius Nimrod, kníže württembersko-olešnický

Řád pravděpodobně zanikl po vypovězení Švamberků ze země po bitvě na Bílé hoře a konfiskaci jejich majetku. Poprvé byl obnoven jako světský rytířský Řád lebky (německy „Herzoglich Württemberg-Oelssischer Ritterorden vom Totenkopf“) v roce 1652 knížetem Silviem Nimrodem Württembersko-Olešnickým. Jedná se o jeden z mála řádů, které vznikly a působily v zemích Koruny české.

Kníže se oženil roku 1647 s Alžbětou Marií z Poděbrad, kněžnou Olešnickou ve Slezsku a vládl s ní nad touto zemí, která byla součástí zemí Koruny české. Byl pod vlivem rosekruciánů a jako svého dvorního lékaře měl známého mystika Johannese Schefflera, zvaného Angelus Silesius. Oba manželé byli společně velkopřevorem a velkopřevorkou řádu.

Rytíři i dámy řádu měli meditovat nad „tajemstvími Boha a přírody“ a jejich heslem bylo již zmíněné Memento Mori. Symbolem řádu byla stříbrná lebka na zlaté, černě emailované smyčce s heslem „Memento Mori“. Rytíři nosili na levé ruce prsten s lebkou. Vstupem do manželství se novomanželka rytíře stala řádovou dámou.

Voják brunšvického pluku, jezdci byli nazývání Schwarze Schar

Řád zanikl po smrti zakladatele v roce 1664, ale roku 1709 jej obnovila jeho vnučka Luise Elisabeth von Sachsen – Merseburg jako dámský řád. Naposledy se ještě myšlenka a znak řádu ukazuje v období napoleonských válek, kdy Friedrich Wilhelm zdědil po svém strýci Olešnické knížectví a propůjčuje na uniformy svých vojáků symbol Řádu lebky – lebku bez dolní čelisti a černou barvu.

Znovuobnovení Rožmberského řádu proběhlo 14. 7. 2011 a od 2. 12. 2011 je Rožmberský řád lebky zapsán Ministerstvem vnitra České republiky jako Občanské sdružení (dnes zapsaný spolek)